Alkohol działa szkodliwie na niemal wszystkie tkanki i narządy. Alkohol, a także jego główny metabolit, aldehyd octowy, są bezpośrednio toksyczne dla tkanek. Alkohol i jego metabolity wchodzą w bezpośrednie reakcje z fizjologicznymi substancjami w organizmie. Działanie pośrednie alkoholu polega na silnym wpływie na homeostazę ustroju poprzez działanie na układ wegetatywny, endokrynny, odpornościowy, gospodarkę wodno-elektrolitową, wchłanianie niezbędnych składników odżywczych itp.

Toksyczne działanie alkoholu etylowego i produktów jego przemiany powoduje zmiany chorobowe w następujących układach:

układ nerwowy: polineuropatia, zmiany zanikowe móżdżku i mózgu, zwyrodnienia w płatach czołowych, ubytek szarej substancji mózgu, encefalopatia Wernickego i inne,

układ pokarmowy: przewlekłe stany zapalne błon śluzowych jamy ustnej, przełyku, żołądka i dwunastnicy, zaburzenia perystaltyki jelit oraz upośledzenie wchłaniania, stany zapalne trzustki i wątroby (stłuszczenie, zwłóknienie i marskość) i inne,

układ krążenia: nadciśnienie tętnicze, kardiomiopatia alkoholowa (zmiany zwyrodnieniowe włókien mięśnia sercowego, stłuszczenie i powiększenie serca),

układ oddechowy: przewlekłe zapalenie błony śluzowej tchawicy i oskrzeli. U osób nadużywających alkoholu 10-krotnie częściej występuje rak jamy ustnej, krtani oraz tchawicy,

układ moczowy: ostra niewydolność nerek, wzrost stężenia kwasu moczowego we krwi i związane z tym objawy dny moczanowej (zapalenie stawów spowodowane gromadzeniem się złogów moczanowych),

układ hormonalny: nieprawidłowe wydzielanie testosteronu, zmniejszenie ruchliwości plemników i zniszczenie ich struktury. Hypogonadyzm i feminizacja u mężczyzn, u kobiet zanik jajników i maskulinizacja.

Alkohol wpływa na osłabienie systemu odpornościowego organizmu. Skutkiem tego jest m.in. zwiększone ryzyko występowania pewnych odmian raka, zwłaszcza przełyku, wątroby, części nosowej gardła, krtani i tchawicy.

Alkohol wywołuje też niedobory witamin i innych pierwiastków niezbędnych dla prawidłowego funkcjonowania organizmu. Następstwem owych niedoborów są zaburzenia widzenia, zmiany skórne, zapalenie wielonerwowe, zmiany w błonach śluzowych i szpiku kostnym, zaburzenia procesów rozrodczych, szkorbut i inne.

Alkohol wywołuje znaczące zaburzenia w funkcjonowaniu psychicznym człowieka: bezsenność, depresję, niepokój, próby samobójcze, zmiany osobowości, amnezję, delirium tremens, psychozę alkoholową, halucynozę alkoholową, otępienie (zespól Korsakowa), nadużywanie innych używek i leków.